هدف ما ، یافتن اگزون (مناطق کد کننده ی پروتئین ) با استفاده از ماکزیمم های محلی در تبدیل ویولت

ابتدا هدف یافتن اگزون ها (نواحی کد کننده ی اطلاعات مربوط به ساخت پروتئین) در یک قسمت خاص از توالی DNA موسوم به ژن می باشد.(که این ژن ها نیز هر کدام مسئول تولید نوع خاصی از پروتئین در بدن هستند و پروتئین ها مانند میکرو رباتهایی هستند که تمام اعمال موجود در بدن را به عهده دارند).

یافتن محل دقیق این اگزون ها می تواند درطراحی دارو های مختلف و یافتن در مان برای بیماری ها مفید باشد.

برای مثال: معروف است که ژن BRCA1 (gene)  عامل سرطان سینه و پرستات است.

برای یافتن این اگزون ها دو روش داریم:

۱- متدهای model based

۲- متدهای model-independent

که در این مقاله قصد ما پیش بردن همین روش های model-independent  یک گام به جلو است.

متد هایی که در ادبیات تحقیق این مقاله به عنوان کارهای پیشین مطرح شده اند به شرح زیر است که توضیح مختصری از روش هر کدام در مقابل نامش می آوریم .

Vaid & Yoon              anti-notch filters

Yin & Yau               (EPND) exon prediction by nucleotide distribution

Mena-Chalco              (MGWT) modified Gabor-wavelet transform

Zhang and Yan            (FFTEMD) fast Fourier transform plus empirical mode decomposition

Marhon and Kremer       (WRWW) wide-range wavelet window

که همه این متدها model-independent هستند.

دو موضوع مهم هست که باید اشاره کنیم.

۱- دلیل اینکه از متد model-independent استفاده می کنیم این است که طول اگزون های در انسان در مقایسه با سایر موجودات کوتاه است(برای مثال ممکن است ۱۳۷ باز در یک توالی، اگزون یک پروتئین خاص از انسان را مشخص کنند)، بخاطر همین طولهای کوتاه، امکان اینکه با روش های آماری و مبتنی بر آنچه تا کنون دیده شده است بخواهیم مدلی بسازیم و برای این هم از آن مدل نتیجه بگیریم امکان پذیر نیست. و باید در هر ژن خودش را با خودش مقایسه کنیم و مدل مرجعی در دسترس نداریم.

۲- اما اینکه مدل مرجعی نداریم به معنای این نیست که نمی توانیم از قواعد کلی حاکم بر اگزونه ا استفاده کنیم.

یافتن اگزون (مناطق کد کننده ی پروتئین در ژن) با استفاده از ماکزیمم های محلی در تبدیل ویولت

Short Exon Detection via Wavelet Transform

Modulus Maxima

Published in:  PLOS ONE

Date of Publication: September 16, 2016

                              برای مشاهده مقاله ؛ تصویر فوق را کلیک کنید تا دانلود شود

مشخصات شبیه ساز:

کارشناسی ارشد مهندسی پزشکی

دانشگاه خواجه نصیر

محتویات:

• اصل مقاله
• پیاده سازی با Matlab
• ضمیمه کردن گزارش فارسی و نتایج
• دیتابیس مورد نیاز

دانلود فایل